基于Samyama图数据库的大规模开放生物医学知识图谱

论文展示Samyama构建的开放生物医学知识图谱及MCP访问方案。

资讯摘要

论文提出基于Rust原生图数据库Samyama构建的开放可复现生物医学知识图谱生态，给出Pathways、Clinical Trials、Drug Interactions三个基础图谱及扩展至22图合并库的构建细节。作者报告合并库含3.28亿节点、14.4亿边，加载耗时2269.1秒、峰值内存366.5GB，并介绍基于schema自动生成MCP服务器，在BiomedQA基准上达98%准确率。

要点速读

1. 三个基础图谱：Pathways KG（118,686节点、834,785边）、Clinical Trials KG（7,774,446节点、26,973,997边）、Drug Interactions KG（32,726节点、191,970边）。
2. 22图合并库含328,130,739节点与1,441,425,733条导入边，含Synthea生成的29.5万合成OMOP CDM患者；24个快照加载耗时2,269.1秒，峰值RSS 366.5GB。
3. 论文提出schema驱动的MCP服务器生成，在40题BiomedQA基准上领域专用MCP工具准确率98%，schema感知text-to-Cypher为85%，独立GPT-4o为75%。

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采集于 2026/11/3 08:00:27（北京时间）。 arXiv 日期为本次公告时间，论文初次投稿日期请查看原文版本记录。